1、防污染。入库前要对种子进行风选或人工筛选，将小粒、烂粒、秕粒、虫蛀粒和各种混杂物清除干净，提高种子纯净度。同时，对粮仓中的余粮和杂物也要进行一次彻底地清除，对贮具要用70％甲基托布津可湿性粉剂与40％敌敌畏乳油1000倍液进行杀菌灭虫，以防种子污染。
2、防霉变。冬贮前种子进行2一3天晾晒。冬贮种子含水量粮食作物控制在130克/公斤左右，蔬菜作物控制在120克/公斤以下，油料作物控制在80一120克/公斤。含水量过高时，种子易遭受冻害、受潮霉变，影响发芽率。
3、防混杂。入库时，要区别不同作物、不同品种、不同等级分别写上标签，标明数量，分开存放，不要同商品粮、饲料粮、口粮存放在一起，以免弄错。
4、防窒息。少量的冬贮种子，要用布袋盛装，绝不能用塑料袋盛装，以免妨碍种子正常呼吸，影响质量，导致发芽率降低。
5、防潮湿。应放在干燥、通风处保管，盛装种子的仓、柜、袋、筐要高于地面45-50厘米，便于通风换气，防止种子受潮。
6、防腐蚀。不能与农药、化肥放在一起。因为农药和化肥都有挥发性和腐蚀性，对种子生理有一定影响，同时影响种子发芽率。
7、防变温。冬贮在室外的种子，不能因天气变冷而搬入室内，也不能因室温过高而把种子搬到室外。忽冷忽热的温度，会影响种子质量，降低种子发芽率。
8、防烟熏。不要贮放在常有烟熏的地方。因为种子较长时间被烟雾熏蒸，会降低种子发芽率，还因种子发芽不健壮而导致病虫侵染。
9、防虫鼠。要勤检查，检查是否有受潮、虫蛀、鼠咬、发霉等现象发生。如若发生，应及时采取防治措施，确保贮藏种子安全越冬。同时对冬贮种子要勤翻动，每隔20天翻动1次。以利通风降温，保证种子质量。
