1、稻瘿蚊的主要天敌是寄生蜂，其中以黄柄黑蜂为优势种。采取湿播早育，培育老壮秧，使秧田小气候干燥，改善生态环境，以利寄生蜂活动。
2、采用药剂防治，在早稻标葱多的地区，晚稻播种前每亩用3%呋喃丹颗粒剂3kg措施；在水稻秧苗移栽前7-10天，当秧苗内活虫率达2%以上时，每亩用40%乐果乳油0.25kg,或3%呋喃丹颗粒剂3kg拌毒土措施；在移栽期发现秧苗带虫，可用90%晶体敌百虫800倍液或40%落果乳油500倍液，浸秧根后在阴凉处用薄膜覆盖5小时后再移栽。
3、在冬春期间结合积肥彻底铲除消毁田边、沟边、圳边的越冬寄主，冬翻田、冷烂锈水田都要及早冬耕翻犁，并在翌年惊蜇前进行灌水溶田，最大限度地压低虫源基数。耕作制度调整以避过为害适期。
4、调节水稻播插期以错开稻瘿蚊的盛发期，可以减低其为害。稻田施足基肥，早施追肥，使禾苗早生快发，减少无效分蘖，及时排水晒田，加强栽培管理，加速幼穗分化形成，可以抑制稻瘿蚊的入侵。
5、在幼虫孵化高峰期，防治虫源田和附近田块。每亩用90%晶体敌百虫0.2kg加40%乐果乳油0.1kg或用3%呋喃丹颗粒剂3kg拌毒土撒施或进行深层施药。施药时应保持田间有3cm深的浅水层，防效可达90%以上。
