棚室辣椒病虫害有：猝倒病、立枯病、病毒病、黄萎病、疫病、炭疽病、软腐病、菌核病、灰霉病、绵疫病、疮痂病和青枯病等12种浸染性病害；沤根、脐腐病、日烧病等3种生理病害；蚜虫、烟青虫和棉铃虫等3种虫害。这些病虫害常常是几种同时发生或相继发生，必须采取综合防治的措施。而综合防治的关键是按上述的栽培技术去做。要特别注意以下10项技术措施：
1、必须做到选用抗病良种。
2、必须做到种子消毒。
3、必须做到无病床土育苗。
4、尽量做到与非番茄、茄子、辣椒等茄果类蔬菜轮作。
5、尽量做到土壤高温消毒和棚室熏烟消毒及秧苗无病保健。
6、必须增施磷钾肥。必须实行地膜覆盖及膜下灌水。
8、尽量做到喷施叶面肥。
9、必须摘出病果、病叶带出棚室深埋。
10、必须及早发现中心病株及早打药防治。
