大葱潜叶蝇以幼虫潜在葱叶内取食叶肉仅留上下表皮，形成迂回曲折虫道，呈曲线状或乱麻状，一般在叶部内留有数头蛆及许多虫粪，严重影响着大葱的商品价值及食用价值。因此，不可忽视大葱潜叶蝇的防治。
一般潜叶蝇危害严重的地区，一要考虑蔬菜布局，将潜叶蝇不危害的植物与大葱套种。二要适当疏植，增加通透性。三要及时清理被潜叶蝇危害的病叶，将其深埋，烧毁或者沤肥。四可采用2%阿维菌素1000倍液等进行喷雾防治。
另外不同时期的潜叶蝇需区别防治。在幼虫2龄前（虫道很小时），喷洒98%巴丹原粉1500～2000倍或1.8%爱福丁乳油3000～4000倍液，48%乐斯本乳油800～1000倍液，25%杀虫双水剂500倍液，98%杀虫单可溶性粉剂800倍液，50%蝇蛆净粉剂2000倍液；在成虫羽化高峰的8～12小时施用5%锐劲特悬浮剂，5%抑太保乳油2000倍液，5%卡死克乳油2000倍液效果好。
