辣椒生长需要一定的土壤条件，只有创造适宜的土壤环境条件，才能达到丰产丰收的目的。土壤由矿物质、有机质和微生物三大部分组成，是辣椒生长发育的基础。土壤中的有益微生物直接参与土壤中物质和能量的转化、腐殖质的形成和分解、养分的释放、氮素的固定等一系列土壤肥力的形成和发育过程。采用人为方式向土壤中增加有益微生物数量，就能够增强土壤中微生物的活性，从而提高土壤的肥力。特别是辣椒根际土壤微生态区系的微生物活性对植物根部营养更为重要。因此，在辣椒植株根际施用微生物肥料，就可以增加根际土壤中有益菌的数量和活性，导致土壤肥力的增强。这就是施用金宝贝菌肥，提高土壤肥力、使辣椒增产的科学原理。辣椒施金宝贝菌肥的具体作用如下：
生物激素刺激辣椒生长。金宝贝生物肥中的微生物，无论在其发酵过程（可理解为微生物的自身繁殖过程），还是在土壤内的生命活动过程中，均会产生大量的赤霉素和细胞激素类等物质，这些物质在与辣椒根系接触后，会调节辣椒植株的新陈代谢，刺激植株的生长，从而使辣椒产生增产效果。
以正压邪，减轻病害。金宝贝生物肥中微生物在植株根部大量生长、繁殖，从而形成优势菌群，这样就抑制和减少了病原菌的入侵和繁殖机会，起到了减轻作物病害的功效（可以形象理解为“以正压邪”了）。
刺激有机质释放营养。丰富的有机质通过微生物活动后，可不断释放出辣椒植株生长所需的营养元素，达到肥效持久的目的。
松土保肥、改善环境。丰富的有机质还可以改善土壤物理性状，增加土壤团粒结构，从而使土壤疏松，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为辣椒提供适合的微生态生长环境。
