草甘膦除草剂虽然是属于一种灭生性除草剂，其除草的机理主要是植物茎叶吸收了药物后，除草的活性物质通过叶茎吸收下传到根系后，其活性物质阻碍了根系蛋白的合成而令根系逐渐死亡。而逐渐死亡的根系对吸水、吸肥的能力逐渐丧失而最终植物上部枯死。由于果园杂草多为单子叶植物，特别是禾本科植物对草甘膦敏感程度高。因此对双子叶植物的沙糖桔而言是较为安全的。
此外，草甘膦除草剂的活性物质，一旦与土壤相遇，就会被土壤中的铝、铁离子所固定及钝化而失去活性。因此对双子叶植物的根系不会造成较大影响。尽管如此，在使用草甘膦除草剂时，要注意选择微风的天气，以免药雾的飘移对植株叶片的造成不必要的伤害。此外，在配制草甘膦药液时，要采用清水进行，以免影响应有的药效。
