棉花除提供棉纤维和棉籽油外，还有棉短绒、棉籽壳、棉仁饼、棉秆皮、棉秆、棉叶等副产物，这是一种宝贵的再生资源，进行综合开发利用，可提高经济效益，增加农民收入，促进经济发展。
一、棉短绒的利用
籽棉轧花后还留有一层短绒，用剥绒机三道剥绒，100公斤棉籽可剥短绒7公斤～10公斤。头道绒可纺粗纱，生产棉毯、绒衣、绒布，还可生产高级纸；二道绒可制造硝酸纤维，生产无烟火药、喷漆、赛璐珞等；三道绒可制粘胶纤维、醋酸纤维，用于生产人造毛、人造丝、玻璃纸、清漆、塑料、胶卷等。棉籽剥短绒，提高产值3倍～4倍，短绒制成化纤，又提高产值8倍以上。目前有很大部分棉籽未经剥短绒而榨油，既浪费了资源，又降低棉籽出油率。
二、棉籽壳的利用
棉籽剥取短绒后，再用破壳机脱壳，100公斤棉籽可得棉籽壳40公斤。棉籽壳含多缩戊糖22％～25％，纤维素37％～48％，木质素29％～32％，是多种用途的化工原料，可生产糠醛、丙酮、丁醇、酒精、甘油、醋酸、乙酰丙酸、植物激素、活性炭等。
近年来，棉籽壳主要用于培养食用菌，它是理想的天然综合培养基，经加水浸泡、高压灭菌、接种培养，100公斤棉籽壳可生产鲜猴头、鲜平菇100公斤，或鲜木耳70公斤～80公斤，或鲜草菇30公斤～45公斤，或干灵芝10公斤～15公斤，或干银耳3公斤～4公斤。每公斤棉籽壳生产食用菌的产值最高的可达5元以上。
生产食用菌后的棉籽壳残渣，含有大量菌丝体，是优良的饲料和肥料，也可作沼气池的填料。
三、棉仁饼的利用
棉籽脱壳后的棉仁含油脂35％，蛋白质37％～40％，比稻米、小麦、玉米的蛋白质含量高得多，氨基酸齐全，富含维生素E，消化率90％以上。但是，普通棉花品种的棉仁中含有棉酚(棉毒素)，能使单胃动物中毒。所以，目前仅一部分棉籽饼作反刍动物牛、羊的饲料，大部分仍作为肥料，这是蛋白质资源的浪费。
去毒最理想的途径是选育低酚棉(无毒棉)新品种，国际卫生标准是棉仁中的棉酚含量低于0.02％～0.04。我国已育成低酚棉品种有100多个，已推广的有中棉所13号、16号、18号、20号、22号等，各地可因地制宜选用。普通棉花品种棉仁中棉酚含量为1.6％～2.8％，必经脱毒处理后方可食用和饲用。棉籽饼脱毒的方法很多，有加热去毒法、加碱去毒法、小苏打去毒法、尿素脱毒法、硫酸亚铁脱毒法、石灰水脱毒法等。中国农科院畜牧研究所用硫酸亚铁加石灰水浸泡法脱毒，中国农业工程设计院用膨化法脱毒，无锡轻工学院用有机溶剂浸出法分离棉酚，效果都很好。美国采用最先进的旋液分离加工法，加工成的棉仁蛋白粉含蛋白质65％～70％，棉酚含量为0.04％以下。脱毒的棉仁粉可作食品、饲料、饵料，促进养殖业和食品业的发展。
四、棉秆皮的利用
新鲜棉秆经脱枝、捶秆、剥皮，100公斤棉秆可剥棉秆皮6公斤～12公斤。干棉秆可先浸泡3天～4天再剥皮。剥下的棉秆皮按老嫩厚薄长短分扎成小把，串挂在竹秆上，浸泡10天左右发酵脱胶，当表皮和胶质一摸便脱落时，即可取出敲打漂洗，除去外皮和杂质，然后晒干，100公斤棉秆皮可得净纤维25公斤～30公斤，可代替麻纤维纺纱织布，作麻袋、绳索等。
五、棉秆的利用
棉秆含木质纤维59.5％，可用于造纸，生产人造纤维、纤维胶合板。100公斤棉秆可制5厘米厚胶合板15平方米，1吨棉秆可生产牛皮纸6令，或包装纸350公斤，或富强纤维、粘胶纤维250公斤，可抵木材0.3立方米～0.4立方米。河南省焦作市造纸厂用80％棉秆浆作底浆，配20％木浆挂面，用中性亚硫酸铵代替烧碱生产出牛皮箱板纸，挺度好，拉力强，可代替进口纸板，节省木材，节约外汇。制浆废液是一种优质肥料。
六、棉叶的利用低酚棉叶无毒，可以饲用。有毒棉与无毒棉的区别是：有毒棉茎叶有油腺(黑褐色小点)，无毒棉茎叶无油腺。通过采叶、洗净、晒干、粉碎即成棉叶粉，含粗蛋白16％～18％，粗脂肪1.4％，无氮浸出物12％，用于添加猪饲料，日增重提高3.8％，添加奶牛饲料，产奶量提高12％～20％。
棉叶还可提取多种有机酸，用于食品、医药、化工等；棉叶又可提取加快水泥凝固的增凝剂，用于提高钢筋混凝土质量，减少水泥费用5％～8％。
