有机肥。适合苹果园施用的有机肥包括圈肥、堆肥、厩肥、鸡粪、牛粪、羊粪、人粪尿、草肥、绿肥、作物秸秆、豆饼类、商品有机肥、微生物菌肥等。
在选择有机肥时，大多数果农都有一个误区，觉得有机肥的肥劲越大越好，比如鸡粪。这里必须清楚的是有机肥的主要作用是改良土壤，我们通过施用有机肥来创造一个最好的空间环境供根系生长，所以选购有机肥时不要看养分含量的高低，而是要关注产品所用原料是否优质？是否含有有益的微生物？微生物菌种配比是否科学？
所有的有机肥中，现在大家普遍认为最好的是微生物菌肥，因为近年大量使用无机化肥导致果园土壤有益微生物数量和种类减少。山东烟台市莱山区的姜老板苹果园，2014年每棵树施了木美土里生物菌肥2.5公斤，6月我们刨开一看，施菌肥的地方细根特别多，果实成熟时色泽也比没有施菌肥的好，这就说明微生物菌肥可以显著改善土壤理化性质，促进根系生长，还能提高果实品质。
其次就是食草畜禽的粪便，如羊、牛、兔子粪等，这类产品含碳量很高，对提高土壤有机质含量非常有效。
然后就是土杂肥，最差的是大多数果农觉得很好的鸡粪。需要注意的是，果农自己制作有机肥时，必须将有机肥充分腐熟后才能施用。如果没有充分腐熟就直接使用，未腐熟的有机肥在土壤中会产生大量热量烧根，并且把肥中的害虫及有害菌带入土壤。将粪肥、草、秸秆等混合，加入适量水用稀泥封堆或用薄膜覆盖，加上适宜的发粪宝菌剂等，高温堆沤处理，一般30~60天左右即可腐熟。
化肥。包括大元素化肥和中微量元素肥料。秋季基施时果实已经采收、新梢也停止了生长，所以这个季节施肥不为长果长梢，而为根系吸收养分后贮藏在树体内。因此，此时的化肥没有必要选择高氮型或者高钾型，更没必要选择价格高的水溶性肥。应尽量选择氮磷钾平衡型的肥料。除了氮磷钾大元素化肥外，必须重视钙镁铁锌硼等中微量元素的施用。西北黄土高原产区土壤呈碱性，所以尤其要注意补充钙铁锌。山东、辽宁苹果园土壤酸化较严重，注意钙镁肥的施用。
有机肥。亩产在3000公斤左右盛果期的苹果园用量建议：优质微生物菌肥250公斤/亩，商品有机肥500公斤/亩，羊牛粪等畜禽肥1000公斤/亩，土杂肥建议斤果斤肥。苹果产量越高，相应的有机肥用量就需增加。
氮磷钾化肥。氮磷钾肥料在秋季施用的量，应占全年用量的60%左右。所以，要确定此期化肥的使用量，我们先要明确这一生长季计划施多少肥，量要据目标产量来确定。所以，秋季氮磷钾肥料的使用量建议：亩产4500公斤以上的果园，氮肥（N）12~18公斤/亩，磷肥（P2O5）6~9公斤/亩，钾肥（K2O）9~15公斤/亩。亩产3500~4500公斤的果园，氮肥（N）9~15公斤/亩，磷（P2O5）5~7公斤/亩，钾肥（K2O）9~12公斤/亩。亩产3500公斤以下的果园，氮肥（N）6~12公斤/亩，磷肥（P2O5）3~5公斤/亩，钾肥（K2O）6~12公斤/亩。
中微量元素肥料。土壤缺锌硼和钙的果园，相应施用硫酸锌2~3公斤/亩、硼砂0.5~1公斤/亩、硝酸钙20公斤/亩左右。
