沙糖桔根系出现坏死有多种原因。如：根腐病、脚腐病引起的根腐病、地下水位过高引起根系缺氧窒息而引起的根腐、施入未经腐熟的有机肥（数量过多）产生的高温引起的根腐等。如果是前两种原因引起的，可用70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液，或或用70%敌磺钠盐可湿性粉剂750倍液灌根。
如果出现在树脚处出现脚腐病的，要用上述的杀菌药对脚腐病部位进行治疗。如果是土壤地下水位长期过高，造成土壤长期含水量过足导致根腐的，则要将排灌渠挖深，保证灌中水面至地表达80厘米以上。
此外，在根腐病未有治愈的情况下，要经常对树冠喷康宝或农夫康叶面肥及农丰素芸苔素内酯，以提高植株对不良条件的抗逆能力，减少根系对养分、水分的吸收压力，促进新根的抽发。
