一、主要症状
小麦腥黑穗病主要在穗部表现症状，一般病株较矮，分蘖较多。在小麦生长前期没有明显症状，一直到灌浆期才表现症状，即病穗比健穗短，颖片张开，露出部分的病粒（称菌瘿），初为暗绿色，后变为灰黑色，如用手指微压，则易破裂，内有黑色粉末。菌瘿有鱼腥味，所以称腥黑穗病。
二、传播途径
1、种子带菌小麦收获后，病穗与健穗混合脱粒，病粒破碎后散出黑粉在种子上，成为当年的侵染来源，随种子调运进行远距离传播。
2、粪肥带菌用带菌的场土、麦糠、麦秸、带菌杂草等积肥，或用带菌麦秸、麦麸喂牲畜，病菌会通过牲畜的肠胃，随粪便排出，粪便仍具有传染能力。所以施用带菌的病肥会人为扩大病地面积，使病肥带菌传染。
3、土壤带菌小麦腥黑穗病的厚垣孢子遗落在土壤中，造成土壤带菌。
4、收割机传播近年来收割机跨区域作业也是病菌传播的一条途径。