枇杷的根系由主根、侧根和须根组成。主根由种子胚根发育而成，在它上面产生的各级较粗大的分枝，统称侧根。在侧根上形成的较细根系，称为须根。根是果树的重要器官，它除把植株固定在土壤之内，吸收水分、矿质养分和少量的有机物质，贮藏一部分养分外，还能将无机养分合成有机物质，根能合成某些特殊物质，如激素（细胞分裂素、赤霉素、生长素）和其他生理活性物质，对地上部起调节作用。
枇杷树根系的生产发育在很大程度上受环境条件特别是土壤条件所支配，环境条件的好坏不仅影响根系的形态结构，而且还影响它的生理机能。如土质好、生长旺的垂直根系可达1.0~1.3米，约有80%的吸收根分布在10~50厘米的土层内，80厘米以下的根系分布很少，水平根的分布是树冠的1~2倍。
枇杷根系生长与土温关系密切，土温5~6℃时根系开始活动，9~12℃时生长最旺，18~22℃时生长逐渐减缓，30℃以上停止活动。在一年中，枇杷树根系生长和枝梢生长是交替进行的，一般根比枝梢早两周。一年中有四次根系生长高峰，第一次是1月底至2月底，是一年中根系生长最多的时期；第二次在5月中旬至6月中旬，第三次在8月中旬至9月中旬，第四次在10月底至11月底，这次根系生长量仅次于第一次高峰期。可根据枇杷周年活动规律，进行指导施肥。云南气候特点，枇杷根系活动的2个重要高峰期，是根系生长量最大的时期（在1~2月的幼果期和10~11月的开花期），在该时期应重视对枇杷肥料的重点供应。
