针对当前大豆施肥上存在的有机肥施用量少、未接种根瘤菌剂、忽视大豆钙镁硫硼钼等中微量元素营养的问题，建议采取以下科学施肥方法：重施有机肥，接种大豆根瘤菌；对缺乏中微量元素的土壤有针对性地施用中微量元素肥料；100%的有机肥和磷肥以及50%的氮、钾肥在移栽前结合整地作基肥施用，施后将肥料耙入土中，使其土肥融合；30%的氮肥和钾肥作苗肥追施；20%的氮肥和钾肥作花前肥追施，追肥时先在两行大豆之间挖深度为15～20厘米的施肥沟，然后施肥覆土。
具体操作如下：有机肥料施用量，每亩2000公斤左右。氮磷钾施用量，每亩产量水平在150公斤以下的，亩施氮肥8公斤、磷肥4公斤、钾肥5公斤；每亩产量水平在150～200公斤的，亩施氮肥7公斤、磷肥3.5公斤、钾肥4.5公斤；每亩产量水平在200公斤以上的，亩施氮肥6公斤、磷肥3公斤、钾肥4公斤。播种前用大豆根瘤菌剂拌种。每亩施用钙肥50～100公斤。对缺硼、钼的土壤分别在苗期和始花期用0.1%的硼砂和钼酸铵叶面喷施。
