棉花水灾后，茎叶不全部枯死，棉根没全部变黑发臭的植株仍有较强的恢复能力，需积极做好灾后管理，减轻灾害带来的损失。农户应做好以下工作：
2．1洗苗中耕
在水未退以前，就要下田将棉叶上的淤泥洗净，退水后也可用喷雾器向棉株喷清水。冲淋叶片上的淤泥，以利棉株恢复生长和光合作用的顺利进行。尽快排干田间积水，在棉田能动锄时，立即中耕、除草、松土晾墒、降低湿度，保持棉田土松草净，通气良好，墒情适中，使受淹棉花重新扎根，促进地上部分生长。
2．2扶苗培土
退水后，要把被水冲倒的棉苗轻轻扶起，随扶随用泥土壅根，注意不要一次推扶过分，以免拉断须根。一次不能扶正的棉棵，要结合中耕松土再扶培1次，使棉棵保持直立。
2．3追肥提苗
受淹棉田，氮肥、钾肥大量流失，要追足速效氮肥提苗。方法是对水穴施、深施，使肥液接近棉根，施后盖土，以防损失。施尿素120kg／hm。叶面喷肥2％的尿素溶液、0．2％-3％的磷酸二氢钾等营养型生长调节剂混合喷施，连续3-4次。
2．4精细整枝
受淹的棉花恢复生长后，要剪除已枯死的残枝败叶、烂桃，减轻棉株负担。对大部分果枝已死的棉株，等长出新芽形成公枝后，可将下部分枝打去，根据棉田密度和棉花长势情况酌情留1-2个公枝结桃。
2．5病虫害防治
棉花主要的病害有枯萎病和黄萎病。气温上升到23-28℃会形成发病高峰，特别是黄萎病遇夏季多雨时发病更严重。如发现棉花枯萎病和黄萎病，一是棉田零星发病时，用治萎灵浇灌病苗；二是用氯化苦、三溴乙烷进行土壤消毒。
