上个世纪90年代以来，我国北方棉区棉铃虫大暴发，仅1992年，因虫害造成的直接经济损失就达100多亿元。这一年，美国培育出转基因抗虫棉。此后，美棉迅速打入中国市场。
我国的转基因抗虫棉研究起步于1990年，1996年大面积试种，1999年进入推广阶段。此后，种植面积逐年扩大。2002年，国产抗虫棉在全国累计推广面积达到3000万亩，2003年已接近5000万亩。目前，我国已经培育出两代转基因抗虫棉品种17个。
转基因崛起的平台
转基因棉的迅速崛起在一定程度上得益于国债项目支撑。近10年来，通过国债项目带动，我国加强了以中国农业科学院棉花研究所为核心的农业部棉花遗传改良重点开放实验室、国家棉花改良中心及分中心和国家棉花新品种推广中心、农业部棉花品质监督检测中心等的建设工作，并在新疆建立了国家棉花工程中心，基本形成了棉花科技产业发展体系，培养了一批科技产业型综合人才，保障了我国棉花安全。1998年农业部设立了国家棉花遗传改良中心项目、1999年原国家计委设立了第一个涉农高新技术产业化项目——转基因抗虫棉种子产业化示范工程项目、2001年科技部设立了转基因抗虫棉中试与产业化基地建设项目。现在，这些中心、部门重点实验室已成为我国十五期间棉花遗传育种创新的知识平台和技术平台，形成覆盖全国三大棉区的棉花育种创新体系，为我国棉花科技与产业一体化提供了有力支撑。
我国棉花产量占世界总产量的25%，棉纺织每年出口创汇400多亿美元，这说明我国不仅是棉花的生产大国，并且是消费大国，棉花质量将决定着纺织品的质量和出口情况。但我国传统棉花品种病虫害严重，棉纤维品质不高等问题使整个棉纺产业链发展面临巨大的国际竞争和挑战，这使一些优质棉纱生产企业每年需要大量进口外国优质棉，增加了成本。而以转基因技术为核心的棉花品种的推广恰恰弥补了传统品种的劣势，迎合了消费需求。有关专家认为，按照适宜高支纱纺织的优质棉比例增加10%计算，我国棉纺织出口创汇额可相应增加47亿美元。
转基因棉的良好品质迎合了棉纺织企业消费需求的同时，它的高附加值，也受到棉农欢迎。初步测算，转基因棉每亩可增产皮棉7.5公斤，减少农药投入50元，减少人工投入30元，而且由于其品质优良售价高，每亩还可增收40元。综合计算，每亩转基因棉累计可使棉农增收150~160元。
由于转基因棉能给棉纺行业和棉农带来这种种利好，迅速崛起就不足为奇了。
正眼看转基因棉弊端
我国是世界上第二个拥有自主知识产权、独立研制和开发成功转基因抗虫棉的国家，已经掌握了国际先进的基因枪轰击法等基因转化方法。中国农业科学院棉花研究所、江苏农科院还独创了花粉管通道法转化技术，形成了规模化转基因技术体系。目前，我国已达到年生产转基因棉花植株4000株的能力，预计两年后转化规模可达8000~10000株，使转基因抗虫棉走出实验室，规模化推广应用。
而国家环保总局南京环境科学研究所曾在2002年6月3日公布了一份关于转Bt抗虫棉环境影响研究的综合报告。报告显示，这种转入了抗棉铃虫基因的转基因棉在有效防治虫害，减少农药使用的同时，也带来了明显的环境影响。
这份报告说，转基因棉田里，棉铃虫的一类天敌寄生蜂的种群数量大大减少；昆虫群落、害虫和天敌亚群落的多样性和均匀分布都低于常规棉田。报告显示，转Bt抗虫棉对棉铃虫以外的害虫防治效果很差，某些害虫的发生比常规棉田要严重，甚至上升为主要害虫，危及棉花生长。此外，室内观察和田间监测都显示棉铃虫对转Bt抗虫棉会产生抗体。在连续种植8到10年后，这种转基因棉可能丧失抗虫的效用。
转基因生物包含了从不相关的物种转入的外来基因。毫无疑问，它们投放入自然环境后将象一般的生物一样繁殖，转移入其它的物种或者产生新的品种，改变自然界中的基因资源。而这种对自然基因资源的改变很难被人为控制在最初投放的地区，并且是无法还原的。同时经过人类筛选的外来基因会令新品种比其它原生品种优越，大量繁殖，破坏当地的生物多样性。
据绿色和平组织资料介绍，墨西哥在2001年9月发现本地的玉米品种被进口转基因玉米污染。墨西哥作为世界最重要的粮食作物品种多样性集中地之一，当地300多种野生和地方玉米品种将可能受到威胁。
转基因棉带来经济效益的同时，和墨西哥的玉米一样，都不可避免的会产生一些负面效应，但世界棉花生产正在进入一个新的发展时期，转基因抗虫棉代表了未来棉花科研、生产的发展方向，随着科技的发展，相信转基因的负面效应会逐渐减小，棉花产业也会随之迎来新的发展空间。
