一、重视有机肥。有机肥所含营养元素全、肥效缓而长，是土壤微生物的能源，具有活化土壤微生物的功能，可提高土壤养分的利用率，提高作物的抗病能力和作物品质的功能。为此重视有机肥是番茄施肥技术的关键。但使用有机肥必须是发酵好的，否则，易产生有害气体。一般每亩施优质有机肥4000—5000公斤。有条件的每亩用2—3公斤微生物的接种制剂。
二、平衡使用化肥。化肥具有养分含量高、肥效快的特点，合理使用可弥补有机肥和土壤中所供给某种营养元素的不足。番茄常用的肥料品种：尿素、过磷酸钙、硫酸钾、硼砂、硫酸锌、三元复合肥等。其中过磷酸钙在酸性土壤或旧大棚上使用效果好。有机肥用量大的和旧大棚用肥量可少些，有机肥用量少的和新大棚用肥量可大些。
三、合理分配基肥、追肥的比例。有机肥、磷肥、微肥和80﹪钾肥、30﹪的氮肥混匀后做基肥，并将其中的2∕3均匀撒在地表，然后翻于地下，其余13起垄时施在定植行，其余70﹪的氮肥和20﹪钾肥分别做追肥使用。
四、适时喷施叶面肥。大棚番茄进入盛果期后，根系的吸肥能力下降，此时常用叶面喷施，每亩每次用1﹪尿素溶液加0.5﹪磷酸二氢钾溶液加0.1﹪的硼砂混合液40—50公斤喷施，5—7天1次，连喷2—3次，有利于延缓衰老，延长采收期。