南方水稻黑条矮缩病是由迁飞性害虫白背飞虱为传毒媒介，隐蔽性强、流行快、控制难、潜在威胁大的水稻病毒病。其防治技术应以预防为主，采取“切断毒链、治虫防病、治秧田保大田、治前期保后期”的综合防治策略。
1、选用抗病品种
种植抗病品种是防治南方水稻黑条矮缩病根本措施，具有经济、有效、绿色环保、易为农民接受和掌握的优点。
2、培育无毒状秧
一是在无南方水稻黑条矮缩病发生的地区进行育秧。二是选用防虫网覆盖育秧技术。即播种后用40目聚乙烯防虫网全程覆盖秧田，阻止稻飞虱迁到秧苗上传毒为害。
3、清洁田园为切实控制病毒病的扩散蔓延，水稻收获后组织群众彻底清除病株和稻桩，做深埋和消毁处理；及时清除田边、道路、沟埂中的杂草，恶化白背飞虱的生存环境，有效降低毒源和虫源基数；大田分蘖期病丛率在2%以上的田块，及时拔除病丛，并就地深埋，有效降低病源基数。
4、积极做好种植结构调整，实施轮作一方面依托热区资源优势，结合市场需求，组织动员专业合作社、农业龙头企业和农户，采用公司+合作社+基地+农户的模式，在中晚稻区域改种蔬菜等作物。另一方面动员组织农户减少单季、双季稻混栽面积，切断飞虱传毒媒介，减少相互侵染，相互带毒危害，做到在茬口上阻断病毒传播，减轻病虫的发生与危害。
5、加强栽培管理，提高抗病能力合理密植，适当增加基本苗；采用配方施肥技术，使水稻早生快发，中期不徙，后期不贪青；水分管理技术，做到“浅水栽秧、寸水返青、薄水分蘖，适时晒田，干湿状籽”的。
6、治虱防矮采取“治秧田保大田，治前期保后期”的防治策略，把稻飞虱消灭在传毒之前，于稻飞虱发生高峰、稻秧期和大田初期，选用25%噻嗪酮20―30g/亩、醚菊酯40ml/亩、25%吡蚜酮20ml/亩或80%烯啶？吡蚜酮水分散粒剂15g/亩进行稻飞虱统防统治。
7、及时施用病毒钝化剂，有效预防黑条矮缩病的发生在水稻移栽前3天和分蘖前期选用2%菇类蛋白多糖60ml/亩、30%毒氟磷可湿性粉剂60克、0.5%氨基寡糖水剂80毫升或盐酸？吗啉胍兑水40―50kg喷雾。
