棉花有自我调节补偿的能力，灾后应采取抢排水、早松土、重施肥、迟打顶、强整枝的抗逆栽培措施补救。
抢排水突击降低外三沟水位，重点疏通和加深棉田内三沟。地势低洼、内河水位高的地区，须突击机电排水，以加快排水速度，降低棉田地下水位。
早松土涝后棉田土壤板结、通透性能差，要在排水后7～8天突击松土，改善棉田土壤透气和增温性能，加快棉苗恢复生长。
重施肥受淹棉株应在萎蔫消除、根系吸肥能力开始恢复后及时施用恢复肥，并加大施肥量，快促猛攻，尽快转入增节增蕾开花结铃的高峰时期。一般田块每亩施纯氮5～8公斤（即标准氮肥25～40公斤），以尿素或碳铵为主，配施钾肥和有机肥，提倡施用棉花专用复合肥。开塘深施，提高肥料利用率。
迟打顶受淹棉株恢复生长后生育期推迟，应适当推迟打顶时间，一般比常年打顶时间迟6～7天。这样可以充分利用灾后棉花生长优势，增加果枝多结挑。
强整枝受淹棉株在排水后的恢复生长期间，原果枝以下各叶节的潜伏芽会发育成叶枝，同时主茎果枝叶节上的潜伏芽也生长成较大的赘芽，必须加强整枝，以减少养分无谓消耗，保证后期结铃有充足的养分基础。
受灾较严重的棉田应及时补种或改种。存留棉株每亩低于300株的宜改种，每亩高于300株的宜套种。改种套种宜遵循“效益为先，不影响秋播”的原则。需要改种的，可以采取以下方案：一是秋玉米套种绿叶蔬菜，玉米选用中早熟品种，套种的蔬菜选用生育期较短的速生蔬菜品种，收获一季蔬菜后再收获玉米，不影响秋播。二是改种蔬菜。抓住灾后绿叶蔬菜短缺的情况，选用速生叶菜品种，争取早上市；也可以种植较耐储存的萝卜、胡萝卜、大白菜等蔬菜。三是改种鲜食秋大豆。出水较早的田块可以改种鲜食秋大豆，选用早中熟大豆品种。套种棉田选种植株较矮、生育期短的作物。
