预防西红柿畸形果要注意以下几个方面：1、选用合适品种根据不同生长时期和地区，选择适合品种。原则是耐低温或高温、弱光、综合抗病能力强、商品性好、坐果能力强、心室数变化较小的品种。
2、控制适宜的育苗条件一般的番茄品种，当幼苗2~3片真叶时即开始进行花芽分化，因此在育苗期间，控制适宜的育苗条件是防止畸形果的关键。一是培育适龄壮苗，二是幼苗出土后要控制好温度和肥料使用，生产中避免8℃以下的低温炼苗和多氮肥育苗。
3、幼苗管理控制田间温度，保持白天25℃左右、夜间13~15℃，防止长时间遭遇低温或高温；控制氮肥的使用，防止营养生长过旺，同时要注意补充硼、钙等中微量元素，施用复合甲壳素有机水溶肥料，养护根系，培育健壮植株；适当浇水，避免土壤中水分发生剧烈变化。
4、及时做好疏花疏果正常花蕾萼片数为5~7枚，萼片在9枚以上者为畸形花，应及时摘除。每穗结合蘸花疏掉每一穗中第一朵最早开放的花，它往往被称为“鬼花”，易形成畸形果，待每穗果坐齐后，再及时疏掉因蘸花而形成的残花和畸形果。
5、合理使用植物生长调节剂正确合理使用生长调节剂蘸花，能够有效降低番茄畸形果的发生。首先是选用适合的浓度。要根据植株的长势，蘸花时的温度合理配比，一般情况下，温度高时浓度低，温度低时浓度适当高；植株长势旺时，浓度适当高，植株长势弱时，浓度适当低。其次是蘸花要选择合适的时期和时段。一般选择是一穗花第二朵和第三朵花花瓣完全开放，并且伸长到喇叭口时，点花为宜，点花过早易形成僵果，点花过晚会造成畸形果或裂果；最好选择在晴天上午，叶片上没有水滴时开始点花；注意点花不能重复，重复后会造成药液浓度过高，容易产生畸形果，可在配置的药液中加入少量的红色颜料或墨汁做为标记。
