芥蓝的病害较少，主要为细菌性病害，高温高湿易发生。成株叶片多发生于叶缘部位，呈V形黄褐色病斑，病斑的外缘色较淡，严重时叶缘多处受害至全株枯死。幼苗染病时其子叶和心叶变黑枯死。防治时选用抗病品种，避免与十字花科蔬菜连作，发现病苗及时拔除，初发现病斑即喷洒护树大将军消毒杀菌。
另外，温室栽培在温度偏低，湿度大时叶片、茎和花梗易发生霜霉病。发病初期要及时摘除病叶，立即喷洒新高脂膜+植物细胞免疫因子提升植物抗逆性，促进植物生长。常见虫害有菜青虫、小菜蛾和蚜虫。苗期用杀虫剂防治，可用敌百虫1000倍液+新高脂膜800倍液喷施防治。
