蔬菜大棚是一个相对封闭的环境，温度、湿度较高，病虫害种类多，农药施用量大；大棚空气基本不流动，农药不易散发，又得不到雨水、露水淋洗，农药消解缓慢，土壤盐渍化严重。对于大棚内的蔬菜的废弃菜叶、长完果实后的废弃植株和一些被抛弃残果等废弃物都可以和大棚内的少量土壤和一些畜禽粪便用金宝贝微生物菌肥进行发酵，一般只需4-7天就能制得有效养分含量高的生物有机肥，用其做底肥能明显的减少大棚作物的病虫害，很好的固定大棚内的养分使其不流失，并且能很好的疏松土壤，吸附残留的农药，缓解和改善土壤板结、土壤盐渍化等问题。
如北京昌平的王女士开始时也怀着将信将疑的复杂心情，在大棚（种植黄瓜）亲自作了对比试验，她将自家的鸡粪用金宝贝生物发酵剂发酵后，形成生物有机肥，再施到大棚黄瓜上，使她大吃一惊的是，效果非常明显：与直接将没有发酵的鸡粪施入大棚相比，长出的黄瓜苗青、叶厚、瓜条直、采摘期长、而且病害少得多。此后，王女士对生物发酵剂神奇功效深信不疑。
