由于大棚内温度、湿度大，光照较弱，空气流动缓慢，几乎不受外界刮风、下雨的直接影响，蔬菜生长旺盛而且芽嫩，蔬菜易受病虫害。例：持续低温、高温，苗期易带病，叶面肥过量施用和植物生长调节剂樵花等易起茄子、番茄灰霉病。
在一天中温湿度情况：
15℃-25℃，相对湿度超过85%以上8天，番茄易得灰霉病。
15℃一20℃，相对湿度超过80%以上2天，番茄疫病易严重发生。
20℃-35℃，高湿2天，黄瓜霜霉病发生。
15℃-22℃，空气相对湿度超过90%以上，易发生黑星病。
大棚16℃-18℃土壤潮湿时，久雨后遇干旱或时雨时晴易发生枯萎病。
灰霉病喜低温、高湿环境。特别是在冬季大棚中湿度大，温度低的，重茬连作，栽培密度大，该病易流行。最适宜感染病期为始花至坐果期。
发病潜育期一般是5-7天，空气相对湿度60%时不利于病害的发生。大棚蔬菜主要病害：枯萎病、青枯病、疫病、白粉病、灰霉病、猝倒病、病毒病、根结线虫病、霜霉病等。
主要害虫：蚜虫、小菜蛾、斜纹夜蛾、甜菜夜蛾、瓜绢螟、美洲斑潜蝇、红蜘蛛等。
具体防治措施：
1：大棚闲期，1亩施用40公斤石灰氮，翻耕、灌水、盖地膜闭棚7-10天（石灰氮遇水分解后生成液体氰胺与气体氰胺，对土壤中的真菌、细菌和线虫等有广谱性杀死作用）。对猝倒病、黄瓜枯萎病和番茄青枯病、疫病、西瓜根结线虫病等有良好防治效果。同时，通过高温处理，对土壤中的虫卵有较强的杀伤力，特别是小昆虫，如斑潜蝇、红蜘蛛等虫卵得到根除。
镰刀菌、菌线生长的最适温度为25℃，致死的温度为54℃。
高温高湿防治黄瓜霜霉病和黑星病的最佳温度为45℃1天，40℃为2天，相对湿度80%以上。
2.用高锰酸钾1000-1500倍稀液，喷施土壤，对土壤中多种病菌有扼杀作用。在土壤保持田间持水量60%以上的情况下，使用利得百菌清等专用杀菌烟剂，闭棚5-7天，对杀伤土壤病菌效果较好。
3.节水灌溉技术，控制大棚湿度。
4.用嫁接苗，可有效防止土传性病菌害，有效防止根结线虫病菌为害。
5.用化学防治：
（1）青枯病：用农用链霉素等。
（2）早疫病和灰霉病：百菌清＋72%杜邦克露600-800倍稀液。
灰霉病易产生抗药性，要注意交替轮换用药。
（3）霜霉病：发病初期选用50%安克可湿性粉剂300倍，或用72%杜邦克露可湿性粉剂800于1000倍稀液。
细菌性番茄软腐病防治应注意以下几方面：①污染灌溉水（露地蓄水池）；②人为伤口、伤口愈合，前茎、生菜、莴笋等残留；③昆虫传播。
（4）炭疽、白粉病：70%甲基托布津可湿性粉剂500倍等。
（5）虫害防治
蚜虫、蓟马用10%吡虫啉可湿性粉剂2500倍。
瓜绢螟、斑潜蝇用48%乐斯本乳油1000倍液喷雾防治。
斜纹夜蛾用15%安打浮液3500倍喷雾防治。
小菜蛾用菜喜防治等。
红蜘蛛可用克螨特1000倍。
斑潜蝇用阿阿维菌素2500倍液防治。
根结线虫病可用百铃2000倍淋根。
6.目前大棚病害发生有上升趋势，应注意早期预防。
（1）西瓜、甜瓜：枯萎病、炭疽病、白粉病。
（2）番茄：青枯病、叶霉病。
（3）黄瓜：霜霉病、菌核病。
（4）春大白菜：软腐病。
7.识别大棚主要生理性病害。
（1）缺钙；（2）缺硼；（3）缺镁；（4）肥害；（5）药害；（6）湿害。
