(1)农业防治
加强检疫，在未发生斑潜蝇地区建立保护区，疫区在外销蔬菜发现有幼虫或蛹时，严禁外运。要培育无虫苗；棚室通风口及门口张挂防虫网。
收获前茬作物后要清洁田间残株杂草，若已有为害，应深埋或烧毁。深翻土壤，使土壤表层中的蛹不能羽化，以减少虫源数量。黄瓜植株已发生为害时，可摘除受害叶片，带出田间深埋或烧毁。危害严重时，要提前拉秧或毁种。棚室内可使用涂有机油的黄板或用灭蝇纸诱杀成虫。
(2)药剂防治
田间要经常查看，发现斑潜蝇为害植株，要及时防治。做到发现一株治一株，防止扩展蔓延。应特别要做好苗期的防治工作。可用46％绿菜宝乳油1000-1500倍液，或2.5％功夫菊酪乳油3000倍液，或20％康福多浓可溶剂2000倍液，或1.8％爱福丁乳油2000倍液。或98％巴丹原粉1000-1500倍液，或50%蝇蛆净可湿性粉剂500-2000倍液，或10％吡虫琳可湿性粉剂1000倍液喷施。22％敌敌畏烟剂，每667平方米0.4千克熏烟，可杀灭成虫。
