苹果不只在栽种过程中会发生病虫害，贮藏期也是。苹果在贮藏期间发生的病害分为生理性病害和真菌性病害两大类，前者是由于生长、贮藏条件不适或缺乏某种矿物质引起的，后者则是由于采前微生物潜伏侵染或采后伤口侵染引起的，这是影响苹果贮藏期的重要因素。有效地防治这两类病害对苹果的保鲜和增值具有重要作用。
一、生理性病害的防治
1.虎皮病
虎皮病是贮藏后期发生的最严重的生理病害，大多数苹果品种都易感染此病。其症状是发病部褐变，且呈不规则的微凹陷状，多发生在不着色的背阴面，严重时病斑连成大片如烫伤状，影响外观。苹果采收过早，成熟度较低是该病发生的主要原因。防治虎皮病首先应注意适当晚采；另利用气调贮藏也可有效防治虎皮病；还可用浓度为0.25%～0.35%，温度为25℃的乙氧基喹液浸泡果实，或用每张含有1.5～2毫克的二苯胺包果纸包果均有很好的防病效果；另还要防止贮藏后期温度升高，注意贮藏库的通风情况，果实出库时应逐渐升温，以免温度骤变而引起发病。
2.苦痘病
果实采收期及贮藏期均可发生苦痘病。该病大都发生在皮下果肉组织内部，果皮向内凹陷，并呈灰褐色或绿褐色，病斑常呈圆形。苦痘病主要是由于果实含钙量较低总氮及蛋白质氮含量较高引起的，也与成熟期气温较高有关。因此最主要的防治措施是使苹果在生长发育前期吸收足够的钙，或通过采前喷洒浓度为0.57%的氯化钙，或0.8%的硝酸钙来减轻病害，同时注意人贮果实的前期温度不宜过高，以免该病大发生。
3.衰老褐变病
根据其发病原因分为衰老褐变、低温褐变和二氧化碳伤害三大类。
（1）衰老褐变：是指果实后熟失常所引起的果肉变褐。由症状看，一种是果肉粉绵、变软，内部变成干而易碎的粉质状，后期变成褐色，果皮及外部果肉破裂。另一种是果肉褐变，果肉变为浅褐色，受病部分界限不明显，果肉不变粉绵且果皮不破裂。衰老褐变病是苹果过熟老化的一个象征，凡是促进苹果成熟的因素均可加速此病的发生。通过控制贮藏温湿度，采后用2%～4%的氯化钙液浸泡果实10分钟均可起到良好的防病作用。
（2）低温伤害：苹果贮温过低而引起的冻结也会降低果实硬度和缩短贮藏寿命。高浓度二氧化碳和高湿度都会加重低温伤害。低温伤害与低温和时间两个因素有关，短期低温并不引起伤害。现防治此病的有效方法是控制贮藏温度在2～4℃。
（3）二氧化碳和缺氧伤害：二氧化碳伤害分为果实外部伤害和内部伤害两种。外部伤害发生在贮藏前期，病变组织界限分明，呈黄褐色，下陷起皱。内部伤害果肉果心局部组织出现褪色小斑块，最后病变部分果肉失水成干褐色空腔，食之味苦，整果风味变淡，并伴有轻微发酵味，二者相同处是受害果硬度均不减。缺氧伤害主要是果皮木栓化，果肉至果心组织坏死，并有浓烈的发酵味。通过严密监测贮藏环境气体组分变化，如维持氧在2%～3%、二氧化碳在3%～5%，受害果乙醇含量在120毫克/100克以下，置于10～18℃的通风环境中，则大部分果实可复原。
二、真菌性病害的防治
1.炭疽病
果面呈淡褐色病斑，并逐渐从果皮向果实内部呈漏斗状腐烂；果肉变褐色，有轻微苦味。病斑表面凹陷，从病斑中心向外生成同心轮纹状排列的黑色小点。苹果在采前喷洒500～1000毫克/公斤的苯来特，或托布津，或噻苯咪唑，或多菌灵等防治效果较好；或者在采后用以上药液浸泡果实防病效果也较好；或用多功能保鲜纸包果，同时贮藏期适当降低同期温度，采用气调贮藏，适当提高二氧化碳浓度降低氧浓度也可起到较好的防治作用。
2.轮纹病
果实起初以皮孔为中心发生水浸状褐色斑点，渐次扩大，表面呈暗红褐色，有清晰的同心轮纹。自病斑中心起，表皮下逐渐产生散生的黑色点粒。病果往往迅速软化腐败，流出茶褐色汁液，但果皮不凹陷、果形不变，这是与炭疽病的区别之点。苹果轮纹病的防治，除在加强栽培管理，增强树势，提高树体抗病能力的基础上，采取以铲除枝干上的菌源和生长期喷药保护为重点综合防治外，化学药剂防治是关键措施。因此，采前喷1～2次内吸性杀菌剂，可降低果实带菌率；采后用仲丁胺200倍液浸果1分钟后贮藏，也可降低其发病率；另外低温贮藏也是防治该病的一项重要措施。
3.青霉病
发病初期病斑呈黄色，下陷呈近圆形，果肉软腐组织解体、湿软，腐烂果有特殊的霉味。防止采收、运输中的各种机械损伤，拣出病虫果和机械伤果不作长期贮藏是防治青霉病的关键措施。贮藏前用10002500毫克/公斤噻苯咪唑，或用500～1000毫克/公斤的苯来特或托布津等药液浸泡果实，对青霉病的防治效果也很好；控制乙醛气在空气中的浓度为0.5%、1%、2%，并分别处理果实3小时、2小时、1小时，对防治该病均可起到良好的效果。
4.霉腐病
果实从心室开始受害，并逐渐向外扩展霉烂。病果果心变褐，充满灰色或粉红色霉状物。当果心霉烂发展严重时，果实梗部可见水渍状不规则的湿腐斑块，并彼此相联，最后全果腐烂，果肉味苦。早春芽前全树喷施1～3波美度的石硫合剂，花前花后喷施几次杀菌剂对苹果霉腐病均有较好的防治作用；贮藏期温度保持在0.5～1℃，相对湿度在90%左右，可防止苹果霉腐病的扩展蔓延。
