预防番茄脐腐病的措施主要有以下五种：一是在土壤中施用含钙物。对酸性土壤缺钙时，可施用生石灰，即可补充钙素又可以中和酸性，在碱化的土壤中施用石膏（硫酸钙）补钙，以矫正土壤的PH（酸碱度）。在中性土壤上，可将过磷酸钙加入等量食醋拌合后施用。二是科学施肥。不要过多地施用化肥，特别注意不要施用铵态氮过多。三是掌握适宜温度。地温和气温都要掌握在适宜的范围内。四是平衡水分供应。要均匀灌水，不要使土壤忽干忽湿，结果期要始终保持土壤湿润。五是叶面喷施钙制剂。番茄着果后的1个月内是吸收钙的关键时期，对易发生脐腐病的地块，在这一时期可叶面喷施过磷酸钙，高效钙，钾、钙、锌、铁、锰、硼宝等钙制剂。也可叶面喷施氯化钙加维生素B6。
