1、根：辣椒主根不很发达，根量少，入土浅，根群一般分布在25～30cm深的表土层中，在育苗移栽条件下，由于主根被切断，主要根群仅分布在10~15cm厚的土层内。根系的再生能力弱，茎基部不易发生不定根。为此，在育苗移栽时应尽量采取护根育苗。
2、茎：辣椒的茎木质化，较坚韧，可直立生长，在栽培中不需支架。根据辣椒的分枝结果习性可分为无限分枝与有限分枝两种类型。无限分枝类辣椒生长规律：当主茎长到7―15片真叶时，茎端开始形成花蕾，以后逐渐长出侧枝和二杈分枝。习惯上把主茎上结的第一个果称为“门椒”；―级分枝上结的2个果称为“对椒”；二级分枝上结的4个果称为“四门斗”；三级分枝上结的8个果称为“八面风”；再往上因结的果较多，称为“满天星”。这种类型的辣椒；在第一花下面的主茎与叶腋间的均可抽生侧枝；俗称之为“鸡毛腿”，栽培中应将其及早摘除(俗称打杈)以减少养分消耗，有利于通风透光。有限生分枝类型(如三樱椒)分枝规律是：当主茎生长到14―18片真叶时，顶芽形成花芽，由花芽下面的腋芽抽生分枝，称为“侧枝”，当侧枝顶芽再形成花芽后，在花芽下面再抽生侧枝，称为“副侧枝”。当副侧枝顶芽再次形成花芽后，植株便停止生长，不再分杈，俗称“封顶”。
3、叶：辣椒叶片为单叶，互生，卵圆形或长卵圆形，无缺刻叶面光滑，微有光泽，氮素充足时叶片较长，钾肥充足时叶幅较宽；氮素过多，夜温过高时叶柄长，且先端嫩叶凹凸不平，夜温低时叶柄短；土壤干燥时，叶柄稍弯曲，叶身下垂；土壤含水量过高时，则会使整个叶片萎蔫下垂。
4、花：辣椒花较小，花色为白色或绿色，无限分枝型品种多为单生花，有限分枝型品种多为簇生花。辣椒第一朵花一般出现在主茎7―15节上，早熟品种出现节位低，晚熟品种出现节位高。辣椒花为雌雄同花的两性花，自花授粉，其天然杂交率在10%左右，为常异交授粉作物。
5、果实：辣椒的果为浆果，果实形状依品种不同有灯笼形、四方型、粗长牛角形、羊角形、线形、圆锥形等于果实的着生状况，―般来说，无限分枝型的品种多为下垂生长，少数品种斜生，有限分枝类型的品种，果实多向上生长。
辣椒果实从开花授粉至商品成熟需25－30天，呈绿色，生物学成熟为50－60天，呈红色；一般品种果实成熟时，直接由绿转红，但也有少数品种先由绿转黄，再由黄变红。作为观赏栽培的“五彩椒”，是由于同株上的果实转色期不同，而形成几种不同的颜色，一般大果型牛角椒辣味较淡，中果型羊角椒辣味较浓，而小果型及线形辣椒辣味极浓。
6、种子：成熟的辣椒种子扁圆形，淡黄色，有光泽，种子千粒重6－7g，发芽能力平均年限为4年，使用年限一般为2~3年。辣椒新种子和陈旧种子有明显区别，用眼看：新种子为淡黄色，而且稍有光泽，陈旧种子为土黄色，且存放过久种皮发红；用鼻闻：新种子有强烈的刺鼻感，想打喷嚏，陈旧种子则刺激性小；用牙咬，新种子辣味浓，而陈旧种子则辣味淡。
