1、合理施肥：增施农家肥，合理施用氮、磷、钾肥，不偏施氮肥，增施磷、钾肥，培育壮苗增强果树抗病能力。同时，在幼果期和果实膨大期，喷洒0.4%硝酸钙1-2次+0.3%硼砂，增加果实的含钙量，可以降低果实的呼吸强度，提高耐衰老能力，以减轻病菌的为害。加强栽培管理,随时摘除病果，搜集落果，秋季翻耕土壤，冬季剪去树上各种僵果、枯枝等，均有利于减少菌源。
2、药剂防治：从果树现蕾期到落花后10天，连续喷洒杀菌剂三次，可取得较好的防治效果。发芽前喷射5波美度石硫合剂加0.3%的80%硫磺悬浮剂清除树体上的病菌。在初花期和盛花期喷药1～2次，常用药剂：70%甲基托布津1000倍液、80%退菌特可湿性粉剂600倍液、50%多菌灵1000倍液，50%异菌脲宽湿性粉剂1000倍液等可有效降低采收期的心腐果率。
3、生物防治；从苹果树萌动后开始，喷苹果益微1000倍液，15-20天1次，喷4-5次。
4、加强贮藏期管理；对田间发病较重的果实，应单存单贮。采收后24小时内放人贮藏窖中，窖温最好保持在1～2℃。一般10℃以下，发病明显减轻。
