慈姑整个生育期应保持浅水——深水——浅水，严防干旱。慈姑从定植长叶、匍匐茎伸长、球茎膨大全过程都要求浅水灌溉。但不同生长阶段又稍有区别，定植时要求浅水灌溉，水层2厘米左右即可；到旺盛生长阶段，水层可加深到10～15厘米，对于土质松而烂、有机质含量高的低烂田块，由于土壤长期淹水缺氧，所以早慈姑在球茎开始形成前(长江沿岸大约在8月中下旬)，可以短期脱水搁一搁田。这样做的好处：一可以防徒长；二可以增加土层含氧量；三是促进球茎膨大。搁田标准是搁到田间完全无水，土表软中带硬时，再灌水10厘米左右。
以后进入伏旱高温季节，水层可适当加深。在7~8月间，气温达35℃以上时，于深夜或清晨引灌凉水，加深水层至12~20厘米，适当深灌和勤换凉水，既可保证慈姑植株旺盛蒸腾和生长对水分的需求，又可改善田间小气候条件，减轻高温的不良影响，发挥防暑降温作用，保证植株健壮生长，抑制病害的发生和蔓延。
8月中旬以后，气候转凉，宜再恢复浅水，一般以8~10厘米为宜。到9~10月份，植株大量结球阶段，还要落浅到3~5厘米，最后保持土壤湿润即可。
在慈姑球茎膨大期，天气比较凉爽，植株需水量减少，水层可以降到2～3厘米。这样白天水温、地温容易增高，夜间水温、地温容易降低，有利于养分积累和球茎膨大。如球茎在田里越冬，只要保持土壤长期湿润即可。
