西葫芦根腐病要做到预防为主，综合防治。
1、农业防治措施
重病地，可与非瓜类蔬菜实行3年轮作，前茬作物收获后，全面清理田间病残体（包括根茬），运到田外深埋或烧掉，彻底消除病残体，在整地时多施腐熟好的有机肥，尽量少施化学肥料，如果黏土地或施入没有腐熟有机肥做基肥的地块，不宜用地膜将地面全部覆盖，进入结瓜期后，切忌大水漫灌，最好采用沟灌或隔行浇灌，浇水后要注意通风排湿。若土壤较湿，可上午将地膜揭卷起，下午铺好，并浅锄地，晾晒地面降湿。
2、化学防治
严格进行棚内土壤消毒，可采用五氯硝基苯，或多菌灵加乙磷铝等，一般每亩施用药剂2至3千克。封垄采取集中撒施药剂，可用“甲霜灵”、“杀毒矾”等，每亩施用药剂量1千克。在定植后结合封垄培土对西葫芦苗进行三次药剂灌根，可选用抑快净800倍、多菌灵500倍、甲霜灵锰锌800倍液灌根，交替进行。
