小麦秆枯病的防治目前尚无有效治疗方法，应以农业防治措施为主。(1)选用抗病品种：品种间抗病性有明显差异，各地可因地制宜选用抗病品种。(2)加强栽培管理：清除田间病残体，深翻土地，轮作倒茬，施用腐熟肥料，适期播种等，对减轻病害有一定作用。
