病原菌为链格孢，属半知菌类真菌。
甜瓜黑斑病主要发生在甜瓜生长中、后期，危害叶片、茎蔓和果实。下部老叶先发病，叶斑近圆形，褐色，具不明显轮纹。果实染病多发生在日灼或其他病斑上，布满一层黑色霉状物，形成果腐。
