小麦在注意氮磷钾平衡施肥的同时，需要重视微量元素的有效补充。常见的微量元素缺乏症如下：
一、缺硼
抽穗前无特殊症状，抽穗后不结实而成“亮穗”，内外颖张开，芒的开张角度也增大；子房畸形，横向膨大，挤开内外颖；花粉败育，不饱满；穗颈节矮缩而呈矮化状，整穗或半穗以上不实为多，空壳率高，减产严重。
防治措施：小麦在拔节期、孕穗期用0.1~0.2%硼砂溶液进行叶面喷肥，每7~10天1次，连喷2~3次。
二、缺锰
麦类作物缺锰症在苗期即可出现。表现为叶色褪淡，植株黄化，生长发育停滞，分蘖减少；上位叶脉间失绿，叶脉仍保持绿色，形成条纹花叶；失绿的脉间部位还会产生褐色斑点，扩展后连接成线条状，俗称“褐线黄萎病”。麦类作物缺锰症急速发生时可出现灰白色浸渍状（烫伤状）坏死斑。严重时叶片明显变薄，叶片中部易发生扭曲，上半叶下垂，株形披散，田间群体景观纷乱。小麦多出现褐色斑点症状，少见褐色线条等症状。
防治措施：每亩追施硫酸锰1公斤作基肥、沟施，拌种每亩用0.05~0.1公斤即可，根外追施用0.1~0.2%的锰肥溶液，连喷2~3次。结合施用有机肥，增加其有效性。
三、缺钼
主要表现为叶片失绿黄化，先从老叶的叶尖开始向叶边缘发展，再由叶缘向内扩散，先是斑点，然后连成线，心叶正常，心叶下2~3叶叶片下垂，略呈螺旋状。叶脉间产生黄绿色斑点，继而从叶尖开始枯萎，以致坏死。
防治措施：施用钼肥如钼酸铵、钼酸钠，常用方法为拌种，一般每亩用钼酸铵约10克，也可把钼肥混入磷肥中施用。作追肥叶面喷施，用浓度为0.02~0.05%的钼酸铵溶液。酸性土壤可施用土壤改良剂提高土壤pH值，能增加钼有效性。
四、缺锌
主要表现为叶的全部颜色减褪，心叶白化，叶尖停止生长，叶片失绿，节间缩短，植株矮化丛生。
防治措施：每亩追施硫酸锌1公斤；或在苗期、拔节期喷施0.2%的硫酸锌2~3次。
