甜瓜苗期常发生的病害有猝倒病、立枯病以及沤根现象。
（1）猝倒病：瓜苗得病初期在根颈处发生水浸状病斑，逐渐变成黄褐色，后干枯收缩，子叶尚未凋萎就猝倒。病情发生后由点到片发展。此病多在低温多湿及通风不良时发生。
防治方法：育苗时选择高燥地块做苗床，床土选择大田土，肥料要充分腐熟。当发现病苗时，可喷洒铜铵合剂。铜铵合剂的配法是硫酸铜2份、碳酸铵11份，充分混合，装瓶内密闭一昼夜，用时溶于400份水中即可。也可以用500倍的敌克松液或抗菌剂401液灌根。
（2）立枯病：发病初期茎基部变细，子叶下垂，叶片凋萎，直到全株死亡。防治方法：此病应少施氮肥。当开始发病时，在苗的根茎部浇灌70%敌克松1000倍液，或50%抗菌剂401500~1000倍液，或25%退菌特、50%多菌灵、70%甲基托布津、百菌清1000倍液。
（3）沤根：多发生于长期低温，高湿、寡光照天气，造成幼苗子叶下垂，由绿渐黄，根逐渐腐烂而导致地上部萎蔫死亡。为了避免发生沤根，苗期浇水应慎重，避免大水漫灌和阴雨天浇水，及时排除积水，尽量不使幼苗期低温和高湿同时出现于苗床。
