利用害虫习性进行防治菌蚊可用人工捕捉；将发生瘿蚊的菌袋放在阳光下曝晒1～2小时或撒上石灰粉，能有效杀灭瘿蚊。
诱杀蚊蛾可用黑光灯或节能灯诱杀，方法是在灯下的水盆中放入0.1％的敌敌畏，害虫落入盆中即被杀死；在强灯光处放置涂有40％聚丙烯的粘虫板可诱杀腻虫。
曲霉的防治及时清除废料，瓶装料时料不能与棉塞相接触，装瓶完毕后洗净瓶口，除去杂物，保持棉塞清洁。食用菌采收完后施用5ppm的多菌灵。绿霉的防治①降低菇房的温度和湿度，加大通风量，用草木灰覆压有霉菌的地方，阻止霉菌孢子飞扬传播。②取生石灰9份、多菌灵1份、水适量拌匀，涂刷霉菌处。③生料栽培时，每100公斤干料中添加克霉灵100克，可彻底防止霉菌滋生。④在霉菌处撒上高锰酸钾颗粒后，再在其外围喷水。⑤用5％的石灰水浸泡霉菌，待霉菌消失后排掉石灰水补上新料。⑥在霉菌处涂95％的酒精或煤油，点火将其烧掉，然后挖除，填补新料。
细菌的防治培养基灭菌要彻底，灭菌时温度、压力、时间都要达到要求。培养基做好后，在30℃的培养箱内放置一天后再用，以确保无细菌感染培养基。培养基内可加入抗生素，一般以每毫升100～200单位为宜。
