棉花炭疽病是我市棉花普遍发生的一种主要苗期病害。除侵染棉花幼苗外，还能侵害茎、子叶、叶片及后期棉铃。棉苗受害严重影响齐苗、健苗、早发。发病的多少受当年的气候及栽培条件的影响很大。一般苗期发病率20％～70％，严重时可达90％以上。
棉籽萌动时，病菌即行开始侵害，常使棉籽在土中呈水渍状腐烂，不能出土而死亡；或幼苗出土后，在茎基部或稍偏上部产生紫红至紫褐色条纹，后扩大成梭形病斑，稍凹陷，严重时失水纵裂，幼苗萎倒死亡。潮湿时，病斑上产生桔红色粘性物质(分生孢子)。子叶受害时多在叶缘生半圆形褐色病斑，边缘深红褐色，严重时枯死脱落。成株期棉叶及茎部发病不常见。
炭疽病主要是由种子传染，病菌主要以分生孢子在棉籽短绒上越冬，仅少部分以菌丝体潜伏于棉籽种皮内部或子叶夹缝中越冬。一般棉籽带菌率30～80％。种子萌发时，病菌即开始侵染为害，条件适宜时在病部形成大量分生孢子，通过风、雨、昆虫及灌溉水等传播，可造成再次侵染
炭疽病的发生受气象因子的影响很大，尤其温湿度是决定病害流行与否的重要因素。土壤水分过多，相对湿度在85％以上时，炭疽病就会加剧为害，湿度低于70％时，则不利于发病。连续阴雨的情况下，往往导致温度下降，不利棉苗生长，易于导致病害流行。
炭疽病主要由种子传染，所以，选用质量好的无病种子并彻底进行种子消毒，是防治此病的关键。
种子消毒的药剂可用50％多菌灵可湿性粉剂拌籽，每l00kg棉籽拌药0.5kg；也可用70%甲基托布津可湿性粉剂0.5kg与100kg棉籽拌种；还可选用70%代木森锰锌可湿性粉剂0.5kg与100kg棉籽拌种。
发病初期喷洒70%甲基硫菌灵(甲基托布津)可湿性粉剂800倍液或70%百菌清可湿性粉剂600-800倍液、70%代森锰锌可湿性粉剂400-600倍液。
