一般在4月中旬左右，如温度在12℃以下，水稻种子则不能正常萌发，浸种时间一长，病菌侵入，就会发臭、烂种。浸种时间过长，还会使稻种胚乳中的营养物质外渗，种子发粘，严重的死亡，轻的出芽不壮。因此如果日平均气温低于15℃，一般就不应该急于浸种。
浸种前把种子平摊在筛子或席子上晒2-3小时，扬去瘪粒，或者用清水选种，去除瘪粒和部分芽谷。
药剂浸种后用活水浸种，这样能使浸种过程中产生的有毒有害物质及时随水流走。最好将种子放在流动的、水质好的河塘里浸泡，不能在水质差的小沟里浸种，也不要用透气性差的新蛇皮袋装稻种。如果将种子放在盆里或桶里浸泡，一定要勤换水、多翻动。
浸种时不要将种子一直泡在水里，应采用“日浸夜露”的方法。“浸”，是为了使种子吸足水分，水分不足种子不能萌发。“露”，是为了让种子呼吸。生命力弱的种子尤其不能缺氧，否则很容易造成种子发酵、发霉、发臭、腐烂，发芽率大幅度下降。一般在上午8点放在活水中浸种，中午将种子提上来翻动一次，让每粒种子都接触一下空气，然后再放入水中浸泡，到下午6点，将种子从河塘中提回家，平铺摊放。
浸种时间长短由气温高低而定，气温越高，浸种时间越短。等种子吸足水分（种子外观透明、光亮），刚开始“露白”就落谷，不提倡催芽。如果催芽，应在常温下薄摊，不能堆闷。稻种“露白”后呼吸强度高，产热量大，堆积过厚时堆内热量不能及时散失，温度过高容易烧芽；通气不良，种子在缺氧条件下会产生酒精，对自身造成毒害。
