一、床土配制。水稻有机栽培机插育秧的床土应选择无毒无害化的稻田土。培肥时间宜早不宜迟，以使肥土相融，达到先肥土后肥苗。营养土培制方法，稻田土做床土应及早耕翻冻垡，并每亩施腐熟无害化的家杂肥2000-4000公斤加饼肥300公斤加入畜粪肥3000公斤，春季结合旋扎或经粉碎过筛后（土粒粒径小于5毫米）再堆制覆盖备用，每亩移栽大田应备足过筛细土100公斤。
二、精整苗床。秧田整地可采用干整法或水整法，干整法应在播种前7天上水验平秧板；水整法应在播种前10-15天上水旋扎验平，待沉实后再做秧板，秧板制作应长田横做畦，规格掌握秧板宽140-150厘米，沟宽40厘米、深10厘米，四周围沟深20厘米，板面要求达到“平、光、实、直”，随后排水露田待育秧。
三、种子处理。选用良种，于落谷前择晴晒种1-2天，增强种子酶的活性，提高发芽势，同时要预先做好发芽试验。浸种方法：清水淘种后，用日本提供的植物源浸种液1号稀释1万倍液或1%石灰水3公斤浸种2-2.5公斤，浸足60-72小时，然后沥种催芽至90%种谷露白后播种。
四、适期播种。掌握播期，机插育秧移栽叶龄控制在15-20天。定量播种（每亩移栽大田用于种子2-2.5公斤），围绕既能达到培育壮秧，又能满足插秧机取苗切块要求，几经实践，播种量一般以每2平方厘米有效面积上落谷5粒种谷为宜。规范程序，在预先整好的秧板上平铺软盘，匀铺底土（1.8-2.0厘米厚），加土护边，并做到先造墒后落谷，确保一播出齐苗。
五、覆盖出苗。加盖籽土，做到播种后应及时撒盖籽土，盖籽土厚度掌握在3-5毫米，以谷不见天为宜。加无纺布覆盖，实践表明，无纺布覆盖通透性好，并具有“四防”作用，即防雀害、防虫害、防渍害、防热害，尤其是对水稻条纹叶枯病发生的防控效果较好，并且利用无纺布覆盖可从落谷后到起苗移栽的长期覆盖，是水稻有机栽培秧田期防虫控病的有效举措。
六、苗期管理。严格控水，机插育秧以湿为主，确保秧沟晴天平沟水，阴天半沟水，雨季沟不积水。如育秧期间遇久晴高温天气，采用无纺布覆盖的，应特别注意水位控制在秧板面上方不淹没软盘上口为宜，要常保持无纺布湿润，以免高温灼伤秧苗。床土培肥较差的秧苗叶色较黄的，每亩苗床可用腐熟人粪尿肥500公斤对水追施。病虫防治，用春雷霉素防治苗稻瘟，用井岗霉素防治纹枯病，用无纺布长期覆盖防控灰飞虱等害虫的入侵，降低水稻条纹叶枯病在秧田期的发生机率，确保健苗移栽。
