由于棚室内一天中二氧化碳浓度是不断变化的，因此二氧化碳施用时间是否恰当，关系到使用效果好坏。
二氧化碳是光合作用的原料，一般开始施用二氧化碳的时间为睛天日出后的半小时，停止施用时间为放风前的半小时，每天有2小时的施用时间。
另外，不同季节间光照时数和最高光照强度出现的时间不一致，从获得最佳经济效益的角度来说，二氧化碳施用的具体时间也有差异，即12月至翌年1月的9～11时，2～3月的8～10时，4～5月和11月的7～9时。中午日照充分时二氧化碳亏缺最为严重，但此时施用二氧化碳往往又和通风降温发生矛盾。可以尝试二氧化碳间歇增施法，具体做法是：
在需要通风降温时，反复使用短暂的急骤通风，每次不超过5分钟，随之以后一段较长时间的密闭增施二氧化碳，如此反复循环。午后施用二氧化碳虽然可以促进茎叶繁茂，但由于光合作用较弱，可以不施。另外，阴天、雨天和雪天，或者气温较低时，也不需要施用。
