番茄生产过程中经常出现生理性病害，对产量和品质影响很大。最常见的有畸形果、空洞果、脐腐病、裂果、筋腐病、日烧病、着色不良等。
畸形果。主要发生于花芽分化及发育时期，在低温、多肥(特别是氮素营养过剩)、水分和光照充足下，易形成畸形果。在营养不良条件下容易形成尖顶果。为防止畸形果的发生，育苗期间温度不宜过低，水分及营养必须调节适宜。
空洞果。一是开花时不能正常受精，果内无子，形成空洞果。二是使用生长激素时，由于浓度过高，或在蕾期处理，易产生空洞果。栽培中采用人工受粉、适时适量使用激素，就可避免空洞果的发生。
脐腐病。缺钙是发生脐腐病的主要原因。造成果实缺钙有3个原因：一是土壤缺钙：二是地温高、土壤干燥、土壤溶液浓度过高，特别是钾、镁、氨态氮过多，影响植物对钙的吸收：三是在高温条件下，钙在植物体内运转速度缓慢。预防脐腐病，酸性土壤应施用石灰调节、施肥时注意维持土壤的适宜浓度、适当控制氨态氮的用量、尽量避免土温过高及土温的激烈变化、结果期经常保持土壤湿润。还可用0.5%氯化钙喷射新叶和新出现的花序来预防脐腐病。
裂果。一般大果品种及成熟果容易出现裂果，特别是在果实肥大初期，高温、强光及土壤干燥条件下，遇降雨或大量灌水，果实迅速膨大而产生裂果。防止裂果，除选择抗裂果品种外，应避免果实受强光直射，结果期保持土壤湿度。还可增施硼素肥料，增强果皮的可塑性。
筋腐病。分褐变型和白化型。两种类型都是由多种不良条件诱发的病害。防止筋腐病，应创造番茄正常生长的适宜条件，适当增施钾肥，氮肥要以硝态氮为主。
日烧病。在夏季高温季节，由于强光直射，果肩部分温度上升，部分组织烫伤、枯死，形成日烧病。叶面积较小、果实暴露或果皮薄的品种易发病。为防止日烧病，应在结果期避免果实的日灼，最好采用圆锥架或人字架，绑秧时将果穗放在架内叶荫处，适当增施钾肥。
着色不良。果实充分肥大后，其着色好坏除与温度有关外，还与营养素的供给有密切关系。氮、钾、硼缺乏时，果实着色不良。果实膨大盛期，果内水分缺乏，也会着色不良。所以，生产上要控制好温度、水分，注意均衡营养。
