(1)选用合适的西瓜砧木品种。断根嫁接的砧木品种选择除了与传统嫁接的一般要求相同外，即与接穗亲和力与共生性好，对品质的影响小，还要求下胚轴易长出不定根，容易诱导新根。京欣砧1号是北京蔬菜研究中心最新培育的葫芦与瓠子杂交的西瓜砧木杂交一代,是目前国内较理想的西瓜断根嫁接砧木之一。高抗西瓜枯萎病，与接穗亲和力与共生性好，根系发达，下胚轴粗壮，不易徒长，断根后易发新根，易于嫁接，易于成活。嫁接后地上部生长势强，抗叶部病害，对果实品质影响小。
(2)砧木种子可直接撒播在苗盘上，不必播在穴盘或营养钵中，因砧木植株较大可适当稀播，苗盘可装营养土或石沙，如装石沙须喷营养液1-2次，待砧木子叶展开时，将接穗催芽播种于苗盘中。由于砧木与接穗均播在苗盘中，不仅减少了冬季加温温室的育苗面积，而且便于管理，可比传统的插接法提前1周播种。在砧木长出1片叶时，接穗子叶展开即开始嫁接。
(3)在砧木的茎紧贴营养土处切下，然后去掉生长点，以左手的食指与拇指轻轻夹住其子叶节，右手拿小竹签(竹签的粗细与接穗一致，并将其尖端的一边削成斜面)在平行于子叶方向斜向插入，即自食指处向拇指方向插，以竹签的尖端正好到达拇指处为度，竹签暂不拔出，接着将西瓜苗垂直于子叶方向下方约1厘米处的胚轴斜削1刀，削面长0.3-0.5厘米，拔出插在砧木内的竹签，立即将削好的西瓜接穗插入砧木，使其斜面向下与砧木插口的斜面紧密相接。然后，将已嫁接好的苗直接扦插到装有营养土浇足底水的穴盘或营养钵中。注意营养土中的粪与肥料应比传统嫁接方法减少1／2-2／3，过高的养分不利于诱导新根。
(4)为确保在早春低温下嫁接苗有较高的成活率，需要保持较高的土温与湿度，以利于砧木发根及伤口愈合。提倡采用地热线提高地温，嫁接苗诱根期即嫁接后5天内地温应不低于20℃。同时采用拱棚覆薄膜，在拱棚膜上加盖竹帘、草苫或黑色薄膜等物遮光。嫁接苗伤口愈合的适宜温度是22-25℃，通常刚刚嫁接的苗在白天应保持25-26℃，夜间22-24℃，2-3天内可不进行通风。嫁接后3天内，晴天可全日遮光，以后逐渐缩短遮光时间，直至完全不遮光，根据天气情况适当通风。一般来说，断根嫁接苗比传统插接法的闭棚时间要长1-2天，还会出现砧木子叶轻度萎蔫的现象，但只要温度合适，保湿好，嫁接5-6天后即可诱导出新根，伤口愈合合。为避免瓜苗徒长，6-7天后应增加通风时间和次数，适当降低温度，白天保持22-24℃，夜间18-20℃。只要床土不过于，接穗无萎蔫现象，可不浇水。如需浇水，可适当在水中施用一些杀菌剂(多菌灵与硫酸链霉素)喷水，可防止病害的发生。1周后轻度萎蔫亦可不遮光或仅在中午强光时遮1-2小时，使瓜苗逐渐接受自然光照，晴天白天可全部打开覆盖物，接受自然气温，夜间仍覆盖保温，以达到炼苗的目的。
(5)嫁接后15-20天，嫁接苗2-3片真叶时为定植适期。砧木子叶间长出的腋芽要及时抹除，以免影响接穗生长，但不可伤及砧木的子叶，嫁接后的西瓜苗如从刀口下发出新根，则失去换根的防病作用，为此定植时不宜过深，嫁接的刀口不要靠近地面，应高出地面1．5-2.5厘米，在定植后随时摘去砧木发出的新芽。
