（１）病虫危害加重由于大棚菜地难以实行有效轮作，导致病虫大量积聚，容易加剧病虫害的发生。同时，土壤和蔬菜的关系相对稳定，极易产生相同病虫的危害。尤其是土传病害更为严重。如茄子的黄萎病、褐纹病、绵疫病；番茄的早、晚疫病、白绢病、青枯病、病毒病；椒类的炭疽病、病毒病；黄瓜的枯萎病；大白菜的软腐病、根肿病，以及土栖害虫如线虫、根蛆等。
（２）土壤化学性质变差大棚连作蔬菜土壤，因施用大量的化肥，尤其是化学氮肥的情况下，土壤又得不到雨水的淋洗，加之浅耕、土表施肥、排灌系统不配套等栽培措施不当，导致土壤产生盐分积累。而且由于同一种蔬菜的根系分布范围及深浅一致，吸收的养分相同，极易导致某种养分消耗量增加，造成该养分缺乏。大棚土壤缺钾、钙、镁、硼的情况均有出现。
（３）土壤酸化加重由于农产未按各作物需肥规律科学施肥，有机肥施用减少，化学氮肥用量增加，尤其是在大棚栽培的特定条件下，导致土壤酸化严重，影响作物正常生长和品质下降。同时，施用酸性及生理酸性肥料都会降低土壤的ｐＨ值，如过磷酸钙，本身就含有５％的游离酸，施到土壤中，会使土壤ｐＨ值降低。生理酸性肥料如氯化铵、氯化钾、硫酸钾等，施到土壤后因蔬菜选择性吸收铵（ＮＨ４＋）和钾，从而把蔬菜根胶体上氢代换出来，使土壤酸度增加，长期大量偏施这些肥料，常导致土壤酸化。
此外，根系分泌的有害物质也会加重连作的障碍。如西瓜连作造成减产严重，除与枯萎病有关外，根系分泌的水杨酸也是导致减产的原因之一。
