一、杂菌污染
1、绿霉：绿霉是平菇栽培中危害最严重的一种杂菌。
原因：培养料质量差；含水量高；培养温度高；菌种质量差。
办法：选用优质培养料；含水量适宜；适温养菌；选用抗逆性强、适龄的优质菌种。出现绿霉后将菌袋搬到室外低温发菌即可。
2、鬼伞：是高温期容易大量发生的一种竞争性杂菌。
原因：培养料质量差；pH值偏低；氨气浓度高；培养温度高。
办法：选用优质培养料；调高pH值；减少尿素用量；发酵彻底；避免高温危害。出现鬼伞时，应尽隔袋早将之挤烂并散堆降温。
二、发酵时不升温
原因：料经过雨淋；料太粗；料太干或太湿；堆太小。
办法：料颗粒度适宜，颗粒、粉末各占50%最好；含水量适中；料堆适当加大；温度低时覆盖草帘。
三、不发菌
原因：菌种老化；氨气浓；烧菌。
办法：选用适龄优质菌种；减少化肥用量；发酵结束后，料温冷却至30℃以下才能开始接种；养菌温度不超过28℃。
四、不出菇
原因：菌龄偏短，未达生理成熟；无温差或温差小；料面太干；菌种温型不对。
办法：适时解口出菇；拉大温差；解口后立即增加湿度。低温种高温下不出菇。
五、畸形菇
1、长腿菇：
原因：二氧化碳浓度高；品种不对路；光线太弱。
办法：加强通风换气；选择对路品种，中温种低温下长成长腿菇；增加光照。2、蓝（紫）色菇：
原因：一氧化碳浓度高，煤气中毒。
办法：加强通风换气，用煤炉加热时需安排气筒。
六、菇蕾死亡
原因：菇蕾期喷水过重；高温高湿；通风不良；害虫危害。
办法：在菇蕾生长期严禁向菇上喷水；不打关门水；防止高温闷棚，防治害虫。总之，栽培平菇应当根据其生物学特性进行管理，要想获得优质高产，必须选用优质菌种，培养料含水量不能偏高，培养温度不宜偏高。
