为了克服甜瓜的重茬障碍和防止甜瓜枯萎病的发生，在甜瓜栽培中采用嫁接育苗是行之有效的方法。通过采用嫁接苗可以在同一地块连年种植甜瓜，同时可以使甜瓜枯萎病得以有效控制，从而连年获得甜瓜丰收。不过嫁接前应当注意对砧木的选择。优先选用对甜瓜品质影响不大的葫芦、瓠瓜、新土佐南瓜等做砧木。还要注意选用与甜瓜亲缘较近，而且嫁接亲和性好的砧木材料。
在采用了嫁接苗进行生产时，应注意不要栽植过深，防止甜瓜下胚轴部分接触土壤而产生不定根，失去嫁接意义。采用嫁接苗后不用土压蔓，防止生不定根。由于砧木吸肥能力强，特别是对氮素的吸收力强，可适当减少基肥用量，以防过分旺长。尤其是南瓜砧，基肥可减少40%，葫芦砧可减少30%，但应注意追肥
