春季小麦返青后，随着气温回升，纹枯病病情开始发展；进入拔节期后病情迅速横向、纵向扩展，形成发病高峰期。抓住小麦拔节初期，病害纵向侵染前喷药，是防治小麦纹枯病的关键环节，可以阻止病害侵入茎秆，有效控制危害。如果未能及时在早春进行防治，可能导致小麦成熟期白穗很多，严重影响产量。
防治小麦纹枯病，应掌握在小麦返青至拔节初期（2月底至3月中上旬），对病株率达20%的田块喷第一次药，以后根据病情决定是否再用药防治。适用药剂有井冈霉素、已唑醇、戊唑醇、苯甲？丙环唑等。注意用足药量和水量粗喷雾，每亩用水量在50公斤以上，将药物送到小麦基部发病部位及根部土壤，以提高防治效果。如推迟用药，用加大药液量，每亩用药液100公斤，重病田隔10～15天再喷1次药。在一定范围内药液量宜大不宜小。
