甜瓜选择南瓜砧的主要优点是：高抗甜瓜枯萎病，也比较耐低温，根的吸肥和吸水能力较强。该砧的主要缺点是，选用品种不当或与甜瓜的嫁接组合不当时，嫁接苗的成活率较低，嫁接亲和力也较差。南瓜砧嫁接甜瓜能彻底防止甜瓜枯萎病的危害，也能明显地增强甜瓜在低温期里的生长势，果实个大，易获高产。但南瓜砧嫁接甜瓜容易引起瓜秧旺长，推迟结瓜，也容易引起果实品质变劣，形成绿条瓜和果皮斑点瓜，并使果肉变劣。不过南瓜砧品种间对甜瓜的不良影响程度差异很大。南瓜砧目前主要用在甜瓜枯萎病发生较严重的地块上，在冬季温室厚皮甜瓜栽培中，南瓜砧应用的也比较多。
由于南瓜砧与网纹甜瓜嫁接后，容易引起网纹边形，出现网纹并状，降低果实的外观，因此南瓜砧一般不用作网纹甜瓜的嫁接用砧。用于嫁接甜瓜的南瓜砧主要有普通南瓜、杂交南瓜、和野生南瓜三种类型。以杂交南瓜和野生南瓜的抗性最好，对甜瓜生长势的增强作用也最明显，但对甜瓜果实品质的不良影响也相对大一些。
