1.轮作倒茬
原则上严禁连作，重病区可与玉米、甜菜、油菜、向日葵进行轮作，降低病原菌在土壤中的存活量。
2.伏翻及秋翻
麦收后及时伏翻、秋翻可减少病残体上的越冬菌量。前茬为春麦、亚麻的地块更要尽快伏翻，同时追施农家肥。
3.种子管理
及早准备种子，播前晒种2～3天，严格按照拌种程序拌种，防止种子带菌。用适乐时或卫福按种子量的2%～3%拌种，闷种12～24小时，如拌种时种子水分偏大，可摊开晾晒后再播种。根腐病重病区避免种植冬小麦石冬8号或新冬18号。
4.适期播种
冬小麦播种过早可造成麦苗生长过旺，播种过晚苗情弱。播种过深消耗营养大，出苗后麦苗细弱，易感病；播种过浅，越冬易冻伤根部，病菌容易侵入。冬小麦播种期过早或过晚、播种深度过深或过浅均能导致麦苗在入冬前生长势衰弱，抗逆性下降而导致病害发生。
5.合理施肥
以施用农家肥为主，均衡施肥，推广测土配方施肥。合理施用钾肥、锌肥、硼肥、钙肥等，控制氮肥的用量。
6.播种量
强调精量播种，提高播种质量，667平方米播量控制在18～20千克。播量过大田间群体过密，植株细弱，抗病抗寒能力差。小麦生长中后期田间密闭不透气，麦穗小，易倒伏，遇到降雨多的年份发病重。
7.冬前管理
小麦出苗后根据麦苗长势，较弱的麦苗叶面喷施1次磷酸二氢钾、绿力等植物生长调节剂和内吸性杀菌剂。发生根腐病的田块用70%甲基托布津70克或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液混合绿力、磷酸二氢钾进行叶面喷洒，可适当减轻病害的发生。
8.冬灌管理
条件允许的农户，最好在入冬前进行1次冬灌，来年开春后春耙1次，在4月底之前浇头水同时，施用磷酸二氢钾或腐殖酸、氨基酸肥料，促进麦苗提早生新根、长新叶，提早返青起身。小麦根腐病易防难治，应以预防为主，发现病株后及时用药治疗。可以在发病初期，选用12.5%禾果利可湿性粉剂2500～3000倍液喷雾，或每667平方米用4.5%玉麦菌杀水剂30～35克或5%井冈霉素水剂10克加水40千克喷雾防治，隔7～10天再喷1次。喷药应匀、透，使药液充分浸透根和茎。或者在小麦返青至拔节期，每667平方米用50%强力杀菌剂50毫升、迦姆5毫升，加水40千克喷雾，每隔7～10天喷1次，连续防治2～3次。小麦开花初期，每667平方米用25%粉锈宁可湿性粉剂或50%多福合剂100克加水喷雾，可控制叶部病害发展，防病增产效果较好。此外，增施氮肥，氮、磷肥配合施用，可以改善土壤结构，促进小麦健壮生长，提高植株抗病能力。
