1.根黄瓜根系较浅，主要分布在表土7～8厘米，10厘米内最为密集，主根可深达60～100厘米。侧根横向伸展主要集中在半径30厘米内。抗旱能力较差，吸肥力较弱。黄瓜根系木栓化比较早，断根后再生能力较差。幼苗胚轴及茎上有发生不定根的能力，不定根的生长要比原根还要旺盛。
2.茎茎为五菱，蔓性，中空，有刚毛。茎的机械组织不发达，易折损。茎的长度与类型、品种和栽培条件有关。一般早熟品种茎较短，侧枝少，中晚熟品种茎较长，侧枝多。茎的粗和节间的长短是诊断植株强健与否的重要依据。
3.叶叶为掌状或五角形，叶面积较大，上有刺毛。叶片薄，易受机械损伤。
4.花黄瓜基本上是雌雄同株异花，也有两性花出现。腋生，黄色，是虫媒花，自然杂交率高达70％以上。花期短，开花后5～6小时花柱失去生活能力。
5.果实果实为瓠果，棒状，上有棱、线、刺瘤。黄瓜具有单性结实的功能，但授粉能提高结实率。
6.种子种子扁平，呈椭圆形，黄白色，每条瓜可产100～400粒种子。
