龙眼的花芽分化包括生理分化和形态分化。如福建省莆田地区龙眼花芽生理分化在12月份至翌年1月份。在花芽生理分化期内，枝梢上的顶芽及其附近1～3个腋芽，营养物质的积累和外界环境条件对其影响很大。若冬季偏暖，往往易抽生冬梢或使梢轴拉长，消耗了营养物质，不利于花芽分化。土壤干旱可促进营养物质的积累，有利于花芽生理分化。龙眼花芽达到同一分化期的时间，先后可相差1个月左右，但每个形态分化期仍有一个相对稳定的高峰期。
绝大多数龙眼花芽1年分化1次，且花芽分化的时期相对稳定。但四季蜜等个别品种可以周年进行花芽分化，若在水、热等条件好的地区可以做到1年多次开花结果。
受内外条件的影响，发育中的龙眼花穗长出新叶或花序发育中途终止，而使花穗顶端抽发新梢，称为“冲梢”，这是龙眼花穗发育的独特现象。
