香菇菌袋的培养指从接完种到香菇菌丝长满料袋并达到生理成熟这段时间内的管理。菌袋培养期通常称为发菌期，可在室内(温室)、阴棚里发菌，发菌地点要干净、无污染源，要远离猪场、鸡场、垃圾场等杂菌滋生地，要干燥、通风、遮光等。进袋发菌前要消毒杀菌、灭虫，地面撒石灰。夏季播种香菇发菌期正处在高温季节，气温往往要高于菌丝生长的适温(24～27℃)，所以发菌期管理的重点是防止高温烧菌。刚接完种的菌袋，3个袋一层呈三角形垒成排，接种穴朝侧面排放，每排垒几层要看温度的高低而定，温度高可少垒几层，排与排之间要留有走道，便于通风降温和检查菌袋生长情况。发菌场地的气温最好控制在28℃以下。开始7～10天内不要翻动菌袋，第13～15天进行第一次翻袋，这时每个接种穴的菌丝体呈放射状生长，直径在8～10厘米时生长量增加，呼吸强度加大，要注意通气和降温。在翻袋的同时，用直径1毫米的钢针在每个接种点菌丝体生长部位中间，离菌丝生长的前沿2厘米左右处扎微孔3～4个或者将封接种穴的胶粘纸揭开半边，向内折拱一个小的孔隙进行通气，同时挑出杂菌污染的袋。这时由于菌丝生长产生的热量多，要加强通风降温，最好把发菌场地的温度控制在25℃以下。这在夏季播种是很难做到的，但要设法把菌袋温度控制在32℃以下，超过32℃菌丝生长弱，35℃时菌丝会停止生长，38℃时菌丝能烧死。降温的方法很多，可灵活掌握。如减少菌袋垒排的层数，扩大菌袋间距，利于散热降温；温室和阴棚发菌，白天加厚遮盖物，晚上揭去遮盖物；室内和温室发菌，趁夜间外界气温低时，加强通风降温，有条件的可安装排风扇；气温过高，可喷凉水降温，但要注意喷水后要加强通风，不能造成环境过湿，以防止杂菌污染。菌袋培养到30天左右再翻一次袋。在翻袋的同时，用钢丝针在菌丝体的部位，离菌丝生长的前沿2厘米处扎第二次微孔，每个接种点菌丝生长部位扎一圈4～5个微孔，孔深约2厘米。为了防止翻袋和扎孔造成菌袋污染杂菌，装袋时一定要把料袋装紧，料袋装的越紧杂菌污染率越低。凡是封闭式发菌场地，如利用房间、温室发菌，在翻袋扎孔前要进行空间消毒，可有效地减少杂菌污染。发菌期还要特别注意防虫灭虫。
由于菌袋的大小和接种点的多少不同，一般要培养45～60天菌丝才能长满袋。这时还要继续培养，待菌袋内壁四周菌丝体出现膨胀，有皱褶和隆起的瘤状物，且逐渐增加，占整个袋面的2/3，手捏菌袋瘤状物有弹性松软感，接种穴周围稍微有些棕褐色时，表明香菇菌丝生理成熟，可进菇场转色出菇。
