水稻科学选种，主要是选择育种、选用良种、种子精选三个方面来进行选择。
一、选择育种
主要是根据育种目标，来选择合乎要求的育种材料。具体有4个方面的要求：
1、丰产性的要求，产量组成结构：分蘖力、穗粒数、结实率、千粒重等
2、稳产性的要求，产量稳定，适应性广
3、抗病要求，抗病虫害，抗逆性
4、优质要求。
5、适于农业栽培技术的变化。如适于机械化作业，也就是抗倒性。不同生态区域，不同季节，不同土壤及耕作条件，都有不同的育种目标。宣种要严格按照育种目标操作。
6、每代保证相应群体的材料供选择用。群体太小，难以出现符合育种要求的优势单株。
二、选用良种
从下面几个方面选择：
1、适应性，要选适应本地生长的品种。包括气候，土质等方面的条件。
2、丰产性，产量要高，能达到或超过当地最高产的品种。
3、抗逆性，要能比较抗当地发生的主要病害，抗御异常气候因子，适于机械化作业。
4、纯度，田间表现整齐，杂株率不超出国家规定指标。
5、品质要求。
三、种子精选
有机械精选，风力精选，泥水（或者盐水）精选等方法，剔除秕谷，将饱满种子留下。
