根腐病一般在菜豆生长到5—6个星期后开始发生，早期症状不明显，植株较矮小，到开花结荚后，症状才逐渐显现。病株下部叶片发黄，从叶片边缘开始枯萎，但不脱落。拔起病株，可见主根上部和茎的地下部分变黑褐色，病部稍下陷，有时开裂可深达皮层内。剖视茎部可发现维管束变褐，病株侧根很少，或侧根腐烂死亡。当主根全部腐烂时，病株即枯萎死亡，在潮湿环境条件下，常在病株茎部产生粉红色的霉状物，尤其连作地，地下水位高或低洼地发病重，感病植株成片死亡，造成损失很大。
防治措施：
1、加强田间管理：发现病株立即拔除，并在病穴內及四周撒施消石灰。采用高畦栽培，防止大水漫灌，雨季注意排除积水。
2、实行轮作：有条件的地方与葱蒜类进行2年以上轮作。
3、药剂防治：病地种植前药剂土壤消毒，药剂有50%福美双可湿性粉剂500—800克／亩，或90%敌克松原粉30—100克／亩，以上药剂拌上30公斤细土，整地时均匀撒施于土表层。
4、发病初期根茎部浇洒药液，可用50%多菌灵600—800倍液；70%敌克松100倍液，轻轻松一下根茎周围的土，再浇灌。可以在根茎部喷75%百菌清50—600倍液；或70%甲基托布津800—1000倍液；50%苯莱特可湿性粉剂600—800倍液等灌根。